Один из старейших университетов Европы был основан 12 мая 1364 года королём Польши Казимиром III. Изначально в Ягеллонском университете существовало 11 кафедр: восемь правоведческих, две медицинские и последняя кафедра свободных искусств. В то время кафедры богословия в университете не было, так как для этого нужно было получать специальное разрешение Папы Римского.

Главой университета (иными словами, ректором) назначался канцлер Польши. В его обязанности входило забота о деятельности университета и способствование его дальнейшему развитию. К сожалению, процесс строительства остановился после смерти Казимира, а во время правления Людовика Венгерского развитие университета практически остановилось.

26 июля 1400 года король Польши и князь Великого Княжества Литовского Ягайло возобновил деятельность Ягеллонского университета (в то время его называли Studium Generale). Большую помощь в этом оказала королева Ядвига.

Так как в то время высших учебных заведений в Европе было мало, Ягеллонский университет был основной высшей школой для знатной молодёжи. Однако и мещане учились в этом университете — в 1409 году Ягайло даже выделил дом для размещения студентов, которые не могли позволить себе проживание.

Ягеллонским университет стал не сразу. Изначально он назывался Studium Generale, потом Краковской Академией, а после этого — Главной Школой Короны. Своё современное название университет получил лишь в XIX веке.

Благодаря своей истории и значимости, университет входит в европейскую ассоциацию университетов под названием Утрехтская сеть.